🐺Nabla primor
🐸 Nabla primor 2020
Al encontrar crestas de alta intensidad que dividen dos regiones de baja intensidad dentro de una imagen, el método de la cuenca identifica los contornos de las células. Complementamos la fase de la cuenca utilizando el método de niveles, que distingue los contornos buscando regiones de alto gradiente que distinguen una sola región de baja intensidad (como el fondo) de una región de alta intensidad, para resolver los problemas mencionados anteriormente (como el tejido de interés). Para la segmentación y vigilancia de las células en la embriogénesis del pez cebra 8,9,10,11,12,13], también se utilizaron esos enfoques basados en los gradientes. En los paquetes comunes de procesamiento de imágenes, también se han añadido algunos métodos basados en conjuntos de niveles. Por ejemplo, la plataforma de análisis de imágenes ImageJ 2, 14] tiene plugins de conjuntos de niveles, pero por el momento sólo para imágenes 2D, mientras que el uso de las implementaciones de conjuntos de niveles de la biblioteca ITK 15 requiere cierta experiencia tanto en el procesamiento de imágenes como en la programación. Aquí presentamos una implementación sencilla del conjunto de niveles para la segmentación de tejidos vegetales a escala de órganos y células. En la parte de “Métodos”, presentamos los conceptos del método del conjunto de niveles así como sus parámetros. Luego ilustramos cómo este enfoque puede utilizarse en muchos contextos para mejorar los resultados de la segmentación en la sección “Resultados y debate”: identificación del contorno de los tejidos, segmentación de la capa de células externas, segmentación de células de tejido entero y segmentación del núcleo de tejido entero. MétodosCrecimiento vegetal y métodos de imagenologíaCrecimiento vegetal y toma de imágenes
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Resumen El primordio del exoesqueleto de un insecto es un tejido epitelial con patrones de pliegues distintivos. La extensión de estos pliegues crea la estructura tridimensional del exoesqueleto del insecto a medida que éste crece desde la larva hasta la pupa. Se entiende que en los pliegues característicos del primordio, la forma tridimensional del exoesqueleto ya ha sido codificada; sin embargo, sigue siendo difícil definir cómo se forma el tejido epitelial con los pliegues característicos. En el presente documento se sugiere un posible mecanismo para la creación de la pauta de plegado. Durante la producción del primordio, la proliferación celular se produce dentro de una geometría restringida, ya que el tejido epitelial está rodeado de otros tejidos. Utilizamos un modelo de vértice tridimensional que expresa las deformaciones del tejido basadas en los comportamientos mecánicos de las células para dilucidar la dinámica del plegamiento del tejido epitelial en la geometría confinada y aplicamos el modelo para analizar los efectos de las divisiones celulares y la geometría confinada en el plegamiento epitelial. Los resultados de nuestra simulación indican que la orientación del eje de la división celular es suficiente para inducir varios patrones de plegado en sílice y que el interlineado de los pliegues está determinado por la restricción de la deformación fuera de plano debido a la geometría confinada.
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El virus del rayo del plátano (VSB) es un pararetrovirus de las plantas de dsDNA (familia Caulimoviridae, género badnavirus). El genoma nuclear del plátano (Musa sp.) contiene secuencias endógenas del pararetrovirus BSV, aunque la integración no es un paso esencial en el ciclo de replicación del BSV (BSV EPRVs). Al reconstituir un genoma viral que funciona, algunos EPRV del VHS son infecciosos. En estudios recientes se ha revelado una amplia diversidad molecular de virus BSV episómicos (es decir, no integrados), mientras que otros se concentran sólo en las secuencias EPRV del BSV. La historia evolutiva de la integración del virus del plátano badnavirus se ha inferido a partir de las relaciones filogenéticas entre el BSV y los EPRV del BSV en este análisis. Entre las secuencias virales endógenas y episómicas, también se compararon las tasas de evolución relativas y la relación de presiones selectivas (relación d(N)/d(S)). Tras la divergencia de tres especies de plátanos, se produjeron al menos 27 eventos de integración independientes recientes, lo que sugiere que la integración viral es un fenómeno reciente y recurrente. Se informó de la relajación de la presión selectiva sobre las secuencias de badnavirus que, tras su integración en el genoma de la planta, experimentaron un desarrollo neutro. Además, se observó una disminución sustancial (35%) en la tasa de evolución del EPRV en comparación con el BSV, lo que indica la disparidad entre los virus dsDNA episomales y el genoma de la planta en la tasa de evolución. La comparación de nuestros hallazgos con la tasa de evolución del genoma de Musa y otros virus de transcripción inversa indica que los EPRV juegan un papel importante en la diversidad y evolución de los BSV episómicos.
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La elongación de tejidos es un proceso necesario que no se comprende del todo en los metazoos para llevar a cabo sus planes corporales. Aquí proponemos un mecanismo que resulta en intercalaciones planas autosostenidas basadas en la interacción entre la dinámica celular y el patrón de primordía. Por lo tanto, demostramos que una modulación dependiente de la localización de las propiedades mecánicas de las células conduce a una robusta extensión del eje. Lo medimos contra varios modelos de patrones mediante simulaciones informáticas de tejidos para demostrar la plausibilidad de este proceso, en el que hemos implementado la retroalimentación de señales mecánicas. Nuestros hallazgos indican que la elongación robusta depende de una compensación de tensión celular y tisular que se coordina a través de la orientación de la hendidura. Informamos de que diferentes actividades celulares direccionales cooperan sinérgicamente para lograr la elongación en el sentido específico de la extensión del eje en los tejidos con patrón de Turing. En definitiva, nuestros resultados ayudan a explicar cómo el concepto de extensión del eje surge de la dinámica de las células individuales.